Die gefährlichsten Schurken der Stadt sind aus dem Arkham Asylum ausgebrochen und richten wieder ihre individuellen Verwüstungen an. Da die Polizei hilflos ist, liegt es nun an Batman, ihre finsteren Taten zu vereiteln und sie nacheinander in die Anstalt zurückzubringen.
Batman wird von Robin und Nightwing begleitet, aber der einzige andere spielbare Charakter ist Batgirl. Zu den Übeltätern gehören Poison Ivy, The Penguin, The Joker und viele mehr. Es gibt auch einen mysteriösen Bösewicht, der erst in der Endphase des Spiels enthüllt wird.
