Im Central-Park-Zoo von New York lassen es sich vier langjährige Freunde so richtig gut gehen. An der Spitze der Nahrungskette steht Alex der Löwe der ganze Stolz des Zoos, und das weiss er auch. Sein bester Freund, Marty das Zebra, ist ein unverbesserlicher Tagträumer, der nichts als Flausen im gestreiften Kopf hat. Kumpel Melman, die Giraffe, ist der Hypochonder schlechthin.(Hey, Sie hätten auch Angst vor Halsschmerzen, wenn Ihr Hals anderthalb Meter lang wäre!) Und dann wäre da noch Gloria, das hippe Nilpferd, das sehr genau weiss, wie es seine Pfunde einsetzen muss.
Als eine Gruppe durchtriebener Pinguine einen gewagten Ausbruch aus dem Zoo plant, tauschen auch die vier Freunde eher unfreiwillig die gemütlichen Käfige gegen das Abenteuer ihres Lebens ein. Sind die Grossstadt- Tiere und ihre Freundschaft stark genug, auch in der rauhen Wildnis zu bestehen? Basierend auf der Story des mit Spannung erwarteten Kinofilms von DreamWorks Animation entführt Madagascar den Spieler in die Welt vierer liebenswerter Bewohner des Central-Park-Zoos ein Team mit Persönlichkeit bestehend aus einem Löwen, einem Zebra, einer Giraffe, einem Nilpferd und deren gerissenen Pinguin-Freunden. In Szenen aus dem Film und neuen Spielszenarien interagieren die vier Freunde mit anderen tierischen Charakteren und treten mutig Widersachern entgegen. Die Spieler müssen die angeborenen Fähigkeiten der Tiere nutzen,um sich sowohl durch den Grossstadtdschungel von New York als auch durch den wirklichen Dschungel zu kämpfen.
