Bust-A-Move 3 DX ist das gleiche Spiel wie Bust-A-Move '99. Neben den offensichtlichen Unterschieden aufgrund technischer Beschränkungen der Plattform, z. Die Blasen müssen sich von ihren Schattierungen unterscheiden, nicht von der Farbe, sie haben auch weniger Spielmodi. Es sind nur der Arcade-Modus (ein Port der ursprünglichen Arcade-Version mit der Haupt-Einzelspieler-Kampagne oder die Möglichkeit, einen KI-Gegner herauszufordern) und der Challenge-Modus (der möglichst schnell eine Reihe von 25 Levels erreicht) verfügbar.
Was das Gameplay angeht, ist dies ein Spiel mit passenden Steinen. Oben auf dem Bildschirm befinden sich Bläschen unterschiedlicher Farbtöne, und der Spieler steuert eine stationäre Kanone am unteren Bildschirmrand. Die Kanone ist zu diesem Zeitpunkt mit einer Blase geladen und die Schussrichtung kann nach links und rechts variiert werden. Das Ziel ist es, den Bildschirm durch Abgleichen von Blasen derselben Farbe zu löschen.
