Jelly Boy ist ein Plattformer, bei dem der Spieler einen rosa Fleck mit Transformationsfähigkeiten kontrolliert. Im Vergleich zur SNES-Version hat die Game Boy-Version ein anderes Level-Design.
Die Spielmechanik ist jedoch dieselbe: Der Blob verfügt über die Standardfähigkeiten zum Springen und Schlagen von Feinden. Das Sammeln von Power-Ups verwandelt ihn in andere Formen mit unterschiedlichen Fähigkeiten, z. ein Ballon, der ihm erlaubt zu schweben. Andere Sammlerstücke sind Musiknoten (die verloren gehen, nachdem sie von einem Feind getroffen wurden; ohne dass dies zum Tod führt) und Früchte, die letztendlich ein zusätzliches Leben belohnen. Das Spiel bietet sechs Welten mit jeweils acht Levels; Jedes Level muss innerhalb einer bestimmten Frist abgeschlossen sein.
