Dieses Spiel ist im Wesentlichen eine Einzelspieler-Fortsetzung vom klassischen Mario Bros. Während die Super Mario Advance-Spiele später eine grafisch verbesserte Version von Mario Bros. enthielten, enthält Mario Clash viele weitere Ergänzungen und Änderungen im Gameplay.
Nach wie vor besteht das Ziel darin, einen Bildschirm von Feinden zu befreien und zum nächsten Level überzugehen. Anstatt dies zu tun, indem Sie einen Feind von unten auf den Kopf stellen und wegwerfen, werfen Sie Granaten auf ihn. Unter Ausnutzung der zusätzlichen Tiefe von Virtual Boy gibt es ausserdem einen vorderen und einen hinteren Bereich, die mithilfe von Rohren zu und von Rohren zurückgelegt werden können. Granaten können auch auf Feinde im anderen Tiefenbereich geworfen werden.