Sie spielen in diesem vierten Teil der MegaMan Zero-Serie erneut als Zero. In diesem Plattformspiel müssen Sie gegen Hunderte von Feinden kämpfen.
Der teuflische Dr. Weil will Neo Arcadia übernehmen und nur Zero und seine Freunde können ihn davon abhalten, welche die Vereinigung zwischen Menschen und Reploiden anführen.
Wie immer können Sie zwischen den Missionen Ihre Fähigkeiten konfigurieren (Waffen, Cyber-Elfen usw.) und mit den Charakteren sprechen, um verschiedene Dinge zu lernen.
Eine der neuen Implementierungen der Serie besteht darin, dass Sie das Wetter steuern können, um verschiedene Hindernisse innerhalb der Level zu überwinden.