Picross 3D: Runde 2 ist die Fortsetzung des Spiels Picross 3D aus dem Jahr 2009 auf dem Nintendo DS. Es hat die gleichen Gameplay-Funktionen wie sein Vorgänger und löst Nonogramme in drei Dimensionen.
Runde 2 bietet eine zusätzliche Schwierigkeit mit der Möglichkeit, dass zwei farbige Blöcke vorhanden sind, die entsprechend gestrichen werden müssen. Blaue Blöcke stehen für normale quadratische / gerade Blöcke und die neuen orangefarbenen Blöcke, die sich in ungerade geformte und gekrümmte Blöcke verwandeln. Die Darstellung von blauen und orangefarbenen Blöcken in einer Zeile oder Spalte erfolgt durch doppelte Nummerierung. Strafen können auftreten, wenn Blöcke falsch zerstört oder in der falschen Farbe gestrichen werden. Das Markieren von Blöcken in bestimmten Farben, wenn man sich nicht sicher ist, ist jetzt eine Möglichkeit sowie das Bombardieren vollständiger Zeilen und Spalten ohne Blöcke.
Kompatible Amiibo-Figuren können gescannt werden, um zusätzliche Rätsel zu lösen.