Dieser Ego-Shooter ist in vier Episoden aufgeteilt, die jeweils in einem anderen Teil der Militärbasis beginnen. Am Ende dieser relativ einfachen Start-Level befinden sich Teleporter, die einen in eine fremdartige Dimension bringen, in welcher der Rest der jeweiligen Episode spielt. Innerhalb der Level müssen neben den Kämpfen verschiedene Schlüssel- und Schalterrätsel gelöst werden, der Spieler muss Fallen entkommen und allgemein in dem oft verwinkelten Aufbau den richtigen Weg finden. In jedem Spielabschnitt sind mehrere geheime Räume versteckt, und für jede Episode gibt es einen vollständigen Geheimlevel, dessen Zugang erst vom Spieler entdeckt werden muss.
Die Episoden enden jeweils mit einem besonders herausfordernden Kampf, teilweise auch gegen einen Endgegner. Am Ende des Spiels muss die Wesenheit Shub-Niggurath besiegt werden.
Das Spiel bietet zudem einen 2 Spieler Splitscreen Multiplayer Modus.
Quake unterstützt das Controller Pak und das Rumble Pak.
