Yuri Hyuga ist ein junger Harmonixierer: ein Mann, der die Macht besitzt, sich in Dämonen zu verwandeln. Er trifft Alice Elliot, ein junges britisches Mädchen, dessen Vater brutal ermordet wurde und das von einem mysteriösen Hexenmeister verfolgt wird, der sich Roger Bacon nennt. Yuri und Alice reisen durch das Vorkriegschina und haben es mit Dämonen, bösen Magiern und der japanischen Besatzungsarmee zu tun. Die Reise führt sie und ihre Freunde schliesslich nach Europa, wo sie sich ihrem ultimativen Feind stellen, aber auch die Wahrheit über ihre eigene Vergangenheit ans Licht bringen müssen.
Shadow Hearts ist ein Rollenspiel im japanischen Stil, das in einer historischen Periode (China und Europa 1913, ein Jahr vor dem Ersten Weltkrieg) spielt und viele übernatürliche Elemente enthält. Das Spiel hat handlungsbezogene und stilistische Merkmale mit Koudelka gemeinsam, zu dem es als Fortsetzung betrachtet werden kann. Der Spieler navigiert eine Gruppe von Charakteren (bis zu drei aktive Kämpfer) über vorgerenderte Hintergründe. Der Kampf mit normalen Feinden erfolgt zufällig. Während des Kampfes nutzen die Charaktere regelmässige Angriffe oder wirken Zauber. Zusätzlich zu den regulären Gesundheits- (HP) und magischen Punkten (MP) verfügt jeder Charakter auch über eine spezielle SP-Leiste („Sanity Points“). Die geistige Gesundheit wird im Kampf allmählich aufgebraucht; Wenn den Charakteren die SP ausgehen, werden sie verrückt und daher unkontrollierbar, bis ihre geistige Gesundheit durch Gegenstände wiederhergestellt wird.
Das Spiel implementiert den traditionellen rundenbasierten Kampfstil für die Schlachten und fügt ihm eine Funktion namens Judgement Ring hinzu. Jedes Mal, wenn ein Charakter einen Angriff ausführt, erscheint oben auf dem Bildschirm ein Ring mit einem sich drehenden Pfeil. Wenn der Spieler den Pfeil stoppt, wenn er sich über einem kritischen Bereich des Rings befindet, wird der Angriff stärker. Wenn jedoch der grössere Trefferbereich übersehen wird, wird der Angriff vollständig abgebrochen. Verschiedene Arten von Angriffen haben Ringe mit unterschiedlichem Schwierigkeitsgrad; Normalerweise gilt: Je mächtiger ein Zauber ist, desto kleiner ist die Trefferfläche auf dem Ring. Der Urteilsring wird auch für andere Zwecke verwendet; Es kann dem Spieler helfen, die Preise in Geschäften zu senken, und wird zum Lösen mehrerer Rätsel benötigt.
Alle Charaktere ausser Yuri erlernen beim Levelaufstieg automatisch neue Fähigkeiten. Aufgrund seiner Dämonenfusionsfähigkeiten kann Yuri Seelenenergie sammeln und diese nutzen, um verschiedene Fusionsformen zu erlangen. Als sich Yuri in einen Dämon verwandelt, erlangt er einzigartige Fähigkeiten und kämpft als kontrollierbarer Charakter weiter mit der Gruppe. Von Zeit zu Zeit muss er auch zu einem Friedhof in seinem eigenen mentalen Reich reisen, um sich seinen eigenen inneren Dämonen zu stellen und Bosheit zu beseitigen, negative rachsüchtige Energie, die die Gruppe durch das Töten von Feinden ansammelt.
