Das dritte Spiel in der Parasite Eve-Serie, in dem Sie die Rolle von Aya Brea spielen, nicht mehr als Polizist der New Yorker Polizei, sondern ein Mitglied der CTI (Counter Twisted Organization), einer Organisation, die gegen die neue Art von Feind kämpft, die als Twisted bezeichnet wird und plötzlich in Erscheinung tritt. Im Gegensatz zu den ersten beiden Spielen ist das Spiel 3D ohne statischen Hintergrund und verwendet eine Kamera über die Schulter. Aya hat eine neue Spezialfähigkeit, die es ihr ermöglicht, ihre Seele auf andere Verbündete auf dem Schlachtfeld zu übertragen, den so genannten Overdrive, mit dem sie die Kontrolle über befreundete NPCs übernehmen kann.
