The Legend of the Mystical Ninja

Goemon (Kid Ying) und Ebisu-Maru (Dr. Yang) amüsieren sich zu Hause, als sie von seltsamen Geistern hören, die im Tempel gesichtet werden und die Kontrolle über die anderen Dorfbewohner übernehmen. Besorgt darüber, dass ein neues Übel aufgetaucht ist, machten sich die beiden daran, es im Tempel zu konfrontieren. Dies ist nur der Anfang eines neuen Abenteuers, welches Goemon und seinen Partner durch ganz Japan führen wird; in Bergdörfer, Vergnügungsparks, Burgfestungen und mehr!

Die Spieler kontrollieren entweder Goemon oder seinen Partner Ebisu-Maru (oder beide im 2-Spieler-Modus). Sie reisen nacheinander durch abenteuerliche Dörfer und Side-Scrolling-Jump-and-Run-Action-Phasen. In den Dörfern mit Draufsicht müssen Feinde besiegt werden, um Geld und andere Gegenstände zu verdienen (darunter eine waffenverbessernde Glückskatze und mystische Schriftrollen). Der Spieler kann mit seiner Primärwaffe angreifen und springen. Es können auch Wurfwaffen eingesetzt werden, die für jeden Wurf Geld verbrauchen. Wenn unschuldige Dorfbewohner angegriffen werden, verliert der Spieler Geld. Geld kann auch durch den Besuch eines der zahlreichen Minispiele, oft in Häusern, gewonnen (oder verloren) werden: Labyrinthe, Whack-a-Mole, Lotterie, Würfel, ein 3D-Labyrinth und eine Quizshow mit Spieltrivia. Andere Geschäfte wie Geschäfte, Restaurants, Gasthäuser und Judo-Schulungen können ebenfalls besucht werden.

Am Ende jedes Dorfes befindet sich ein Spezialbereich, der das Spiel in einem kompletten Side-Scroller verändert. Ein oder beide Spieler können diesen Ort betreten, der voller Hindernisse, Fallen, Feinde und einer Bosskreatur ist.