In Virtual League Baseball gibt es drei Spielmodi: Spieler 1 gegen Computer, All-Star-Spiel und Wimpelrennen. Bei Spieler 1 gegen Computer wird ein einziges Spiel zwischen dem Spieler und dem Computer gespielt. Im All-Star-Spiel spielt der Spieler mit einem Team von All-Stars aus Amerika, Asien oder Europa gegen den Computer. Beim Wimpelrennen führt der Spieler eine Reihe von Spielen gegen den Computer aus. Dabei werden Passwörter genutzt, um nach dem Ausschalten der Konsole den Fortschritt nicht zu verlieren.