Wario's Woods ist ein Puzzlespiel, das Tetris oder Columns ähnelt, aber einen Twist hat. Anstatt die herunterfallenden Monster und Bomben direkt zu kontrollieren, kontrolliert der Spieler Toad, der Stapel von Monstern und Bomben herumtragen und sie auf die richtige Weise kombinieren muss. Eine Bombe und mindestens zwei Monster derselben Farbe müssen kombiniert werden, damit sie verschwinden. Wenn fünf oder mehr Objekte gleichzeitig gelöscht werden, wird ein Diamant angezeigt. Durch die Zerstörung des Diamanten werden alle Monster von der Farbe des Diamanten befreit.
Es gibt vier verschiedene Möglichkeiten, Objekte aufzunehmen. Mit der A-Taste kann Toad den gesamten Stapel aufnehmen, der sich vor ihm befindet. Mit der B-Taste kann er nur ein Objekt aufnehmen, selbst wenn es sich in der Mitte eines Stapels befindet. Mit der Y-Taste kann er ein Monster oder eine Bombe treten, die sich in ihm befindet vor ihm und der X-Knopf legt ihn auf den Stapel, den er trägt. Er kann auch Wände und Stapel hochlaufen, um herabfallende Gegenstände aus der Luft zu fangen oder bestimmte Teile eines Stapels aufzunehmen.
Es gibt 5 verschiedene Spielmodi: ein "rundes Spiel", in dem Toad zahlreiche Levels beenden muss, ein Match gegen einen computergesteuerten Gegner, einen Zwei-Spieler-Modus, einen "Time Race" -Modus und schliesslich einen umfangreichen Trainingsmodus.
