Bomberman trägt alle Monster mit sich, die er auf seiner letzten Mission gefangen hat, und ist auf dem Weg zu seinem Heimatplaneten Bomber. Plötzlich stiehlt jedoch jemand alle seine vier Raketentriebwerke und er ist gezwungen, eine Notlandung durchzuführen. Nachdem er nach dem Absturz aufgewacht ist, stellt er fest, dass nicht nur seine Motoren weg sind, sondern alle Monster entkommen sind!
Bomberman Quest ist ein Top-Down-Action-Rollenspiel, in dem Bomberman vier verschiedene Länder durchqueren und mit den Eingeborenen sprechen muss, um ihn bei seiner Suche nach den Motoren und Monstern zu unterstützen. Auf echte Action-RPG-Art sammelst du unterwegs Upgrades ein, wie z. B. Bomben-Teile und Fähigkeiten, die du durch das Besiegen von Monstern erworben hast.
Es gibt auch einen Kampfmodus, in dem zwei Spieler über verknüpfte Game Boy-Farben gegeneinander antreten können.
