Wolfenstein 3D ist ein episodischer Ego-Shooter und eine Fortsetzung des Top-Down-Infiltrationsspiels Castle Wolfenstein. Das Spiel versetzt den Spieler in die Fussstapfen von B.J. Blazkowicz, einem verbündeten Spion. Es gibt sechs Episoden.
In der ersten Folge (Escape from Wolfenstein) wird B.J. gefangen genommen, überwältigt jedoch einen Wärter mit Hilfe eines versteckten Messers und schafft es, aus seiner Zelle zu entkommen. Durch die nächsten neun Level führt der Spieler B.J. auf der Suche nach einem Fluchtweg aus Wolfenstein, bewacht von Hans Grosse. Nach der Rückkehr auf das Territorium der Alliierten erhält B.J. die Anweisungen für die Operation: Eisenfaust, wo er Dr. Schabbs und seine Armee mutierter Prototypen aufhalten muss, bevor sie auf die Schlachtfelder entlassen werden. Die letzte Mission (Die, Führer, Die!) hat ein einfaches Ziel: den Bunker unter dem Reichstag infiltrieren und Hitler (in einem Roboteranzug) selbst erledigen.
