Die Handlung von Wolfenstein 3D dreht sich um den fiktiven amerikanischen Soldaten polnischer Herkunft William „B.J." Blazkowicz.
Er muss sich aus seiner Nazi-Gefangenschaft auf der Burg Wolfenstein befreien.
Um dieses Ziel zu erreichen, muss sich der Spieler seinen Weg durch verschiedene Ebenen des Gebäudes freikämpfen.
Als Widersacher treten dem Spieler Wehrmachtssoldaten, SS-Männer und deutsche Schäferhunde entgegen, in späteren Missionen muss man sich jedoch auch mit Gegnern wie Zombies herumschlagen.
Als Endgegner haben beispielsweise Adolf Hitler im Mech-Anzug oder ein Raketen schiessender General Fettgesicht ihren Auftritt.
Wählt aus 3 Schwierigkeitsgraden! Spielt 6 Aufregende Missionen! Diese sind auf 29 Level verteilt! Wählt aus mehr als 7 verschiedenen Waffen!