Brain Drain ist ein Puzzlespiel, bei dem der Spieler ein Muster aus verschiedenen Symbolen wie Äpfeln oder Herzen nachbilden muss, das in der Ecke des Bildschirms angezeigt wird. Das Hauptspielfeld besteht aus den genannten Symbolen, jedoch zufällig vertauscht. Der Spieler steuert einen Rahmen, der vier der Symbole umschliesst. Beim Drücken einer Taste werden die Symbole im Uhrzeigersinn um den Rahmen gedreht. Natürlich müssen die Level innerhalb eines Zeitlimits gelöst werden.
In den höheren Schwierigkeitsgraden muss sich der Spieler auch mit sogenannten Spezialeffekten auseinandersetzen, die gelegentlich während des Spiels eintreten, z. einige Symbole werden durch „?“ ausgeblendet. Blöcke, Symbole rotieren von alleine oder die Bedienelemente werden vertauscht. Drei Power-Ups können durch das Abschliessen von Bonuslevels oder das sehr schnelle Beenden eines Levels verdient werden: Uhr (stoppt die Zeit für 20 Sekunden), Blitz (überspringt das aktuelle Level) und Guthaben (ermöglicht einen zweiten Versuch, nachdem die Zeit abgelaufen ist). Uhr und Blitz müssen manuell aktiviert werden; Credits werden automatisch angerechnet. Neben dem regulären Spielmodus steht auch das „Brain Race“ zur Verfügung, bei dem es darum geht, eine bestimmte Anzahl an Levels (je nach Schwierigkeitsgrad) so schnell wie möglich zu lösen.
