Bust-A-Move Millennium ist eine Handheld-Variante von Bust-A-Move. Zu den Ergänzungen und Verbesserungen in dieser Version gehören: unterschiedliche Spielfeldgrössen; Story-, Puzzle- und Versus-Modi; und die Möglichkeit, im Zwei-Spieler-Versus-Modus gegen einen Freund zu spielen.
Andere Modi umfassen den Endlosmodus (spielen Sie so lange Sie möchten) und einen Herausforderungsmodus, in dem der Spieler Rätsel perfekt lösen muss, um weiterzumachen.
Das Spiel bietet mehrere spielbare Charaktere, darunter Bub, Bob, Banebou, Monsta, Chack'N, Packy und viele mehr.