Der abscheuliche Rote Falke, von dem angenommen wurde, dass er vor langer Zeit von den grössten Kommandos der Erde, Mad Dog und Scorpion, zerstört wurde, ist wieder auferstanden, diesmal sehr wütend und ihn dürstet nach Rache. Seine Armeen marschieren durch die Städte, quer durch die Länder, mit der Absicht, die menschliche Rasse wie einen schlimmen Fall von Flöhen auszurotten. Zwei Kommandos, Jimbo und Sully, sind jetzt hervorgetreten, um Red Falcon erneut zu besiegen und die Überreste der Welt vor seinen abscheulichen Plänen zu retten.
The Alien Wars ist der dritte Eintrag in der Contra-Reihe. Wie seine Vorgänger ist es ein überwiegend seitlich scrollender Shooter mit einem starken Schwerpunkt auf Action. Der Protagonist kann zwei Waffen tragen (im Gegensatz zu einer in den vorherigen Einträgen) und im Stillstand in acht Richtungen schiessen. Zu den neuen Fähigkeiten gehören das Klettern an Wänden, das Ergreifen von Stangen und das Navigieren von Panzern. Teile der Landschaft können zerstört werden.
In einigen Fällen wird der Protagonist auch an Motorradwechseln teilnehmen. Zwei Level haben eine Top-Down-Ansicht und werden anders gespielt als die Side-Scrolling-Levels, mit mehr Freiheit bei der Erkundung und der Notwendigkeit, Missionsziele zu erfüllen, anstatt einfach in eine Richtung vorzurücken und alle Feinde zu töten.
