Zitz, Rash und Pimple sind drei Kröten mit einzigartigen Kampffähigkeiten (ähnlich wie die Teenage Mutant Ninja Turtles). Während der Party auf der Freizeitstation Lost Vega werden die drei von einer Tänzerin abgelenkt, die sich als die Dunkle Königin entlarvt. Plötzlich werden Rash und Pimple entführt und als Zitz musst du der Dunklen Königin nachjagen, während du den vielen Feinden ausweichst, die deinen intergalaktischen Weg blockieren.
Du kontrollierst Zitz, den Battletoad. In einigen Levels musst du mitgehen und alle Feinde besiegen, die dir begegnen. In anderen Levels fliegst oder rast du mit, schiessst oder weiche Feinden aus. Am Ende jedes Levels gibt es einen Bosskampf. Obwohl es den gleichen Namen und die gleichen Hauptcharaktere wie die anderen Versionen hat, unterscheiden sich die Level und die meisten Feinde in dieser Version erheblich.
