Eine neue Bedrohung ist im Anflug! Die Reploids brechen plötzlich alle zusammen. Als ihre Körper untersucht werden, können keine Spuren ihrer "Seele" in Ihren Gedächtnissen gefunden werden! Niemand weiss, wie das passieren konnte und die Welt der Reploids verfällt in Panik. Erschwerend kommt hinzu, dass mehrere Mavericks aus der Vergangenheit wieder rumtoben, nur diesmal mit einem neuen, tödlichen "DNA Seelen"-Chip , der in ihnen installiert ist, so dass sie gefährlicher sind als je zuvor! Die einzige Hoffnung der Reploids sind die Maverick-Jäger, und ihre grössten Helden, X und Zero, die diesen Vorfall unter die Lupe nehmen.Es liegt nun an dir, X und Zero durch diese riskanten und gefährlichen neuen Missionen auf dem GameBoy Color zu führen und herausfinden, wer hinter diesem Terror der Seelen-Auslöschung steckt!
