Mega Man X trifft auf dem Gameboy Color ein! Als eine unbekannte Hacker-Gruppe in ein Supersystem eindringt, das als Mother Computer bekannt ist, bricht Chaos auf der ganzen Welt aus! X und Zero werden gerufen, um diese Hacker-Gruppe zu finden und zu zerstören und den Muttercomputer wiederherzustellen, bevor die Welt ins Chaos gerät!
