Shao Kahn hat gewonnen, Earthrealm ist nicht mehr. Um seine Königin Sindel wiederzubeleben, nutzte Kaiser Shao Kahn das Outworld-Turnier von Mortal Kombat 2 als Ablenkung, während seine Schattenpriester seine gefallene Königin auf der Erde wiederbelebten. Einmal in Kraft gesetzt, verbindet sich die dimensionale Brücke zwischen den beiden Bereichen, so dass Kahns Vernichtungstrupps in die Erde eindringen und sie zerstören und die Seelen der Bevölkerung versklaven können.
Ein kleines Team von Raidens "Auserwählten Kriegern" überlebt den Angriff: Der sterbliche Kombat-Champion Liu Kang und sein Verbündeter Kung Lao, die Special Forces-Agenten Sonya Blade und Jax, der Schamane Nightwolf, der Riot-Cop Stryker, der nomadische Kabal und der ehemalige Lin Kuei-Krieger Sub-Zero. Den Kriegern stehen der Söldner Kano, die Cyber-Ninjas Smoke, Sektor und Cyrax, die Shokan Sheeva, der Zauberer Shang Tsung und Königin Sindel selbst gegenüber.
Mortal Kombat 3 bringt neue Elemente in die 2D-Kampfserie: mehrstufige Spielfelder, "Dial-A-Combo" -Angriffe, eine "Run" -Taste zur Beschleunigung der Schlachten und "Vs." Codes, die neue Kräfte und Fähigkeiten freischalten, sobald beide Spieler eine Codesequenz in den Bildschirmen vor dem Spiel eingeben. Ebenfalls enthalten sind weitere Fatalitys auf den Stages und Finishing-Moves, da jeder Krieger versucht, mit dem zentaurischen Vollstrecker Motaro und Shao Kahn selbst die Rechnung zu begleichen.
