Ninja Reflex ist ein Spiel, um die Reaktionsgeschwindigkeit und das Timing der Spieler zu testen. Die Minispiele bestehen aus dem Fangen von Fliegen mit Essstäbchen, dem Fangen von Koi-Fischen aus einem Teich sowie dem Training mit den Kampfkunstwaffen der Shuriken, Samurai-Schwert und Nunchaku. Durch das Abschliessen dieser Aufgaben erhält der Spieler einen digitalen Gürtel von seinem eigenen persönlichen Sensei.
Es gibt auch eine Meditationsmethode, bei der das Spiel den Spieler anleitet, seine Atmung zu beruhigen und seine Muskeln zu entspannen. Es kann bis zu vier Spieler im Mehrspielermodus unterstützen, sodass sich die Spieler gegenseitig herausfordern können, um zu sehen, wer schnellere Reaktionszeiten hat.