Pokémon Conquest ist eine Kombination aus der Nobunaga's Ambition-Serie und Pokémon. In der Region Ransei leben feudale Kriegsherren und Pokémon zusammen. Das Ziel des Spiels ist es, die Gebiete von Ransei zu erobern, begleitet von Evoli, sich mit anderen Kriegsherren und Kriegern und ihren Pokémon zu treffen, zu kämpfen und sich zusammenzuschliessen, um das Land zu vereinen. Die Schlacht wird in Form von taktischen RPG-Pokémon-Kämpfen ausgetragen. Jedes Pokémon verfügt über seine eigenen Fähigkeiten und Bewegungskapazitäten (z. B. Gehen auf Lava für Feuertypen usw.), die auf dem Schlachtfeld eingesetzt werden können.
Viele Pokémon aus den fünf ersten Generationen sowie Charaktere, die in der Samurai Warriors-Serie vorkommen, treten als Kriegsherren, Krieger und Gefährten des Spiels auf.