Auf der Suche nach Rache an Wario, nachdem er ihren Schatz in "Wario Land: Super Mario Land 3" gestohlen hat, haben sich Spezialagenten der Black Sugar Gang von Kitchen Island, in Warios neu erbautes Schloss geschlichen, den Schatz zuruück erbeutet und ein riesiges Chaos hinterlassen. Wario muss nun aufräumen und sich das zurückholen, was er jetzt als sein Eigentum betrachtet.
Im Gegensatz zum ursprünglichen Wario Land ist Wario nun bis zu einem gewissen Punkt quasi unsterblich. Anstatt zu sterben, wenn er von einem Feind getroffen wird, verliert Wario die Münzen, die er auf seinen Reisen in jedem Level gesammelt hat. Und er kann sich auch in andere Warios verwandeln: wenn er zum Beispiel von einer Biene getroffen wird, verwandelt sich Warios Kopf in einen riesigen Luftballon und schwebt bis zur Spitze des Levels. Nur wenn er von einem scharfen Gegenstand getroffen wird, kehrt er zur Normalität zurück. Es gibt andere Typen wie Feuer-Wario und Zombie-Wario, und jeder kann seine Vorteile haben, z. B. das Erreichen anderer Bereiche, die sonst nicht erreichbar sind.
