Der Nachfolger von Puyo Puyo ist wie sein Vorgänger ein fallendes Blockspiel, bei dem es darum geht, vier oder mehr gleichfarbige Blöcke (Puyos) zu kombinieren, die dann verschwinden. Die verbleibenden Puyos fallen dann herunter und können Combos erzeugen, die dazu führen können, dass spezielle Blöcke (Störende Puyos, die nur durch Eliminieren angrenzender Puyos zerstört werden können) auf dem Feld des Feindes erscheinen.
Dieses Spiel enthält einen Story-Modus, in dem Arle (die Hauptfigur) gegen Computerfeinde kämpft, einen Vs-Spieler-Modus.